마침내 정부는 연세대에 무력을 투입, 제7차 범민족대회와 제6차 통일대축전행사를 강제 진압했다. 14일 오후 경찰은 헬기 11대를 비롯, 수천명의 병력을 동원해 공중과 지상에서 함께 연세대 진압작전을 수행했다. 시위진압에 헬기가 투입된 것은 86년 건국대, 94년 서울대에 이어 세번째다. 이날 연세대에 투입된 6천 여명의 경찰 병력은 수백명의 학생들을 강제연행했으며, 학생회실 등을 무차별 수색, 학교전체를 벌집 쑤시듯 뒤집어 놨다.

이에 대해 일부 사회명망가들은 “학생들의 과격한 투쟁이 정부의 공권력 투입을 초래했다”며 대학생들을 비난하고 나섰지만, 학생들의 통일운동이 전개된 배경 등에는 침묵함으로써, 학생들을 일방적으로 매도하는 듯한 태도를 보였다.

그러나, 민간통일운동을 전개해 온 사회단체들을 즉각 정부의 강경무력진압을 비판하고 “이번 사태는 정부가 자초한 것”이라고 입을 모았다.

민주주의민족통일전국연합은 “정부는 단 한차례도 민간통일운동의 긍정성을 인정하지 않았고, 민간통일행사를 보장한 적도 없다”며 “수십번씩 대북정책을 바꿔가며 정부 스스로 한총련의 극단적인 정부 불신을 초래했음에도 불구하고, 창구단일화 논리에 의해 일방적 탄압을 자행하는 것은 부당하다”고 주장했다.

자주평화통일민족회의도 즉각 논평을 내고 “통일주장이나 운동방식이 다르다고 해서 진압일변도로 나가는 것은 자유로운 통일 논의 활성화에 역행하는 것”이라며 “정부는 다양한 민간통일논의를 보장하라”고 촉구했다.

또한 민주화실천가족운동협의회는 “집회 자체를 무산시키기 위해 헬기까지 동원, 최루탄을 난사해대는 것이 21세기를 앞둔 우리 경찰의 임무는 아니다”며 “집회의 목적을 떠나서 방어 수단조차 변변치 못한 학생들에게 야만적인 폭력행위를 자행하는 것에 기가막힐 뿐”이라고 밝혔다.